方剂是一个以中药饮片经配伍组成的治疗系统。拆方是目前应用于方剂配伍规律研究最为常用的方法，通过拆方研究对许多中药复方的配伍规律有了一定的认识，但拆方研究所得结论不可能反映原方剂的本质内涵。 在复方药理研究方面，主要是观察了与药理效应之间的关系，但是该研究主要以药效为指标，不能从宏观观察调节水平进行药效分析，脱离了“证”的概念，难以从根本上阐明方剂配伍规律及其科学内涵。
1 拆方研究
方剂是一个以中药饮片经配伍组成的治疗系统，无论从化学还是从药理学的角度来看都是一个复杂体系。拆方是目前应用于方剂配伍规律研究最为常用的方法。通过折方研究对许多中药复方的配伍规律有了一定的认识，也积累了一定的经验。但拆方研究方法尚存在一些不足，如拆方研究使原方剂被肢解、打破了方剂的整体性，甚至与原方剂相比已经面目全非；数学设计的拆方分析与中医理论相去较远；拆方研究的最终评价指标未能与方剂所治疾病的病机紧密结合。因此，拆方研究所得结论不可能反映原方剂的本质内涵，更难以深入揭示复方配伍的普遍规律。
2 通过药理效应的变化研究
在复方药理研究方面，主要是观察了与药理效应变化之间的关系。目前已研究的方剂约60余个，其中早期的正柴胡饮、桂枝汤等名方的研究，堪称这类研究的典范。之后，复方丹参饮、血府逐瘀汤、补阳还五汤、参附汤、凉膈散、调胃承气汤、枳实消痞丸等大量方剂也都采用这种研究方法。药理效应的研究方法，从药效学角度对方中各药（或药组）的作用、地位及其相互关系进行了探讨，证明方剂中各药味间具有协同或拮抗的相互作用；各组成药物在方中具有君、臣、佐、使不同地位，在一定程度上验证了方剂组成的合理性及中药配伍应用的优越性，为方剂配伍研究提供了一定的药理学实验基础。
3 通过化学成分的变化研究
方剂配伍规律的研究，仅停留在中药饮片配伍与药效关系的层次上，显然已经很难再深入下去。因此，方剂研究势必朝纵深方向发展，即朝向方剂中各有效成分间的内在联系的方向发展，从物质基础角度探讨方剂配伍规律。例如，中药的沉淀性配伍研究发现以黄芩、黄连、黄柏为基础的复方注射液存在严重的沉淀反应。近年来，对方剂配伍后新成分的产生日益引起重视，生脉散全方的化学成分在煎煮后，产生了新成分5–羟甲基–2–糠醛（5–HMF），进一步分析配伍作用发现，它是麦冬与五味子共煎过程中生成的，并与量的配伍有关；且生脉散全方及人参与麦冬、麦冬与五味子配伍中人参皂苷的含量也发生了变化。
总之，在上述思路的基础上，未来的方剂配伍规律的研究应该做到以下几点：坚持“方证关联、理法方药统一”的整体研究思路；临床疗效确切，作用目标明确（病、证具体）；能够体现中药复方君、臣、佐、使配伍规律；以构方药味的化学基础研究相对清楚的方剂及其类方为模板；在病界定证的中心特征基础上，实现有限目标，把握基本病机，设计多层次、多靶点的系统性指标，并制造相应的动物模型，分析方剂配伍的生物效应机制；充分利用中药血清药物化学的方法，揭示药效物质基础变化与配伍、药效学间的内在联系。在此基础上，充分利用分子生物学等现代化科学技术，进行药效物质比构成与生物效能靶点反应特性的相关研究，揭示方剂配伍规律。从而建立一个研究复方药效物质基础与作用机制、创制现代化高效中药的方法学平台。